Z letom 1986 je začel obiskovati nižjo glasbeno šolo v Kamniku in sicer pouk klavirja pri prof. Mariji Holcar. Pod njenim mentorstvom se je udeleževal regionalnih in državnih tekmovanj ter se z njih vračal s priznanji in nagradami. Po zaključeni Srednji glasbeni in baletni šoli (splošna teoretska smer, 1997; petje, 2003) se je vpisal na Akademijo za glasbo v Ljubljani, kjer je na Oddelku za glasbeno pedagogiko leta 2004 diplomiral z zborovskim koncertom pod mentorstvom doc. Marka Vatovca. Svojo profesionalno pot je usmeril v študij zborovskega dirigiranja v razredu prof. Johannesa Prinza na Univerzi za glasbo in upodabljajoče umetnosti v Gradcu (Avstrija), ki ga je z odliko zaključil leta 2008, danes pa ga nadaljuje na magistrski stopnji. Od leta 2006 je asistent za zborovsko dirigiranje na Akademiji za glasbo v Ljubljani. 

Trenutno deluje kot dirigent Komornega zbora Obala Koper, projektno sodeluje s Komornim zborom RTV Slovenija in Žensko vokalno skupino Čarnice in vodi različne zborovodske delavnice doma in v tujini. Kot pevec je sodeloval v številnih pevskih zasedbah (Komorni zbor RTV, Komorni zbor Slovenicum, European Youth Choir, Vokalna skupina Ecce ...) ter se udeleževal državnih in mednarodnih zborovodskih seminarjev, v letu 2004 pa je kot asistent dirigenta Garyja Gradena sodeloval na Mednarodnem pevskem tednu v Ljubljani. 

Sebastjan Vrhovnik je do leta 2006 vodil Mešani pevski zbor Cantemus iz Kamnika. Z njim je dosegel svoja prva velika priznanja, s tem pa tudi ansambel umestil v sam vrh slovenskega zborovstva (Naša pesem v Mariboru, 2001: zlata plaketa in nagrada za najbolj perspektivnega zborovodjo tekmovanja; 2003: zlata plaketa; Mednarodno tekmovanje Naša pesem v Mariboru, 2006: zlata plaketa, nagrada za najboljšo izvedbo obvezne skladbe in posebna nagrada za najboljši slovenski zbor; mednarodno zborovsko tekmovanje v Spittalu (Avstrija), 2005: 2. mesto in nagrada publike; mednarodno zborovsko tekmovanje v Mernesu (Nemčija), 2006: 1. mesto), delo pa leta 2004 ovrednotil tudi z izdajo zgoščenke Most. Tudi koncertni in tekmovalni dosežki Učiteljskega pevskega zbora Slovenije »Emil Adamič«, ki ga je prevzel leta 2003, so njegova zasluga (regijsko tekmovanje pevskih zborov,